氢气对疾病的治疗作用虽然被认识时间不长，但氢气的生物安全性是早就被广泛研究的内容，几十年前潜水医学研究就证明，连续多日呼吸高压氢气对潜水员不会造成任何毒性损伤。
迄今为止，几乎所有氢氧潜水研究的课题均涉及氢气安全性这一问题。特别是瑞典、法国等成功进行的系列人体氢氧潜水实验，如19881989年间，法国进行人体氢氧潜水的时间就长达7200小时，进一步说明，人体呼吸氢和氢氧潜水是安全的。既然呼吸高压氢气是无毒，那么常压下的氢气摄入就更加安全。
随着氢气生物学研究的不断增加，关于氢气的临床研究也逐渐增多，到目前为止，没有任何证据表明氢气对人体存在危害性。欧盟和美国政府出版的关于氢气生物安全性资料显示，常压下氢气对人体没有任何急性或慢性毒性。国家卫健委于2014年12月发布了氢气作为食品添加剂的国家标准，GB316332014《食品安全国家标准食品添加剂氢气》。
